La Repubblica parlamentare di San Marino è governata da peculiari organi istituzionali che perpetuano antichi usi.
I Capitani Reggenti sono i due Capi di Stato, designati ogni sei mesi dal Consiglio Grande e Generale tra i propri componenti. La particolarità maggiore risiede nella collegialità stessa dell'organo posto al vertice dello Stato il quale resta in carica nel semestre incluso tra il 1 aprile ed il 1 ottobre. I Capitani Reggenti presiedono il Consiglio Grande e Generale, il Congresso di Stato e il Consiglio dei Dodici, inoltre detengono il potere legislativo potendo emettere decreti, in caso d'urgenza, aventi validità per tre mesi.
Il Consiglio Grande e Generale corrisponde ad un Parlamento monocamerale composto da sessanta Consiglieri designati dal popolo ogni 5 anni attraverso il sistema elettorale proporzionale. Tale Consiglio è presieduto dai due Capitani Reggenti.
Il Congresso di Stato, che esercita le funzioni del potere esecutivo, è formato da un numero massimo di dieci Segretari di Stato, eletti tra i membri dal Consiglio Grande e Generale. Al pari dei Ministri italiani, ogni Segretario di Stato esercita le proprie competenze esecutive, politiche ed amministrativeall'interno di un determinato settore.
Il Consiglio dei Dodici, è l'organo giudiziario incaricato di esaminare i ricorsi di terzo grado. L'organo collegiale è presieduto dai Capitani Reggenti ed è nominato dal Consiglio Grande e Generale che ne sceglie i membri tra i propri componenti all'inizio di ogni legislatura.
Il Collegio Garante della Costituzionalità delle Norme è di recente istruzione, essendo stato creato nel 2002 quale organo di garanzia.
Le Giunte di Castello rappresentano gli organi amministrativi locali che governano sui nove Castelli. Ogni Giunta, eletta dal popolo ogni quattro anni, è presieduta da un Capitano di Castello che detiene la carica per due anni.
L'Arengo, nato come assemblea dei capo famiglia, attualmente costituisce l'istituto di petizione popolare. Nella piccola Repubblica di San Marino sono, infatti, previste diverse forme di democrazia diretta tra le quali l'Arengo a cui si possono rivolgere i cittadini per sottoporre proposte su temi di interesse pubblico affinché vengano discusse dal Parlamento dello Stato.